Setelah setahun di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan bertemu kembali dengan Okabe Rintarou. Namun, reuni mereka terputus ketika Okabe mulai mengalami kilasan berulang dari garis waktu lain sebagai konsekuensi dari perjalanan waktunya mulai terwujud. Efek samping ini akhirnya berpuncak pada Okabe yang tiba-tiba menghilang dari dunia, dan hanya Kurisu sendiri yang terkejut yang memiliki ingatan tentang keberadaannya.
Di tengah keputusasaan, Kurisu dihadapkan pada pilihan yang benar-benar sulit yang akan menguji tugasnya sebagai ilmuwan dan kesetiaannya sebagai teman: ikuti saran Okabe dan jauhi perjalanan melintasi waktu untuk menghindari konsekuensi potensial yang mungkin terjadi pada kehidupan. garis dunia, atau mengabaikannya untuk menyelamatkan orang yang paling dia hargai. Terlepas dari keputusannya, jalan yang dia pilih adalah jalan yang akan mempengaruhi masa lalu, masa kini, dan masa depan.
