Handa-kun bercerita tentang Sei Handa, dalam hidupnya dia selalu dihina, bahkan ditinggalkan atau setidaknya itu yang dia yakini. Namun pada kenyataannya, Sei adalah siswa paling populer di sekolah, dipuja oleh semua orang karena keterampilan kaligrafinya yang tak tertandingi, ketampanan, dan kepribadiannya yang dingin.
Karena serangkaian kesalahpahaman yang tak ada habisnya, Handa menemukan penyembahan yang dia terima dari banyak penggemarnya sebagai intimidasi, menyebabkan idola sekolah itu memisahkan dirinya dari teman-teman sekelasnya.
Tetapi menjauhkan diri dari teman-temannya tidak menghalangi mereka untuk memujanya; pada kenyataannya, usahanya untuk menarik perhatian dari dirinya sendiri sering berakhir tanpa sengaja mengubah bahkan siswa yang paling skeptis menjadi orang percaya. Model fashion, berandalan yang tertutup, fangirl obsesif, dan banyak lagi – tidak ada yang bisa melawan kecemerlangan Sei Handa.
